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大型の台風６号は近畿地方を遠ざかりましたが、滋賀県内でも鉄道の運転とりやめや、小学校・中学校が休校になるなどの影響が出ました。台風６号は３日朝にかけて、県内に最も接近しました。
気象台によりますと、降り始めから３日の午前１０時までの雨量が高島市朽木平良で１４５ミリ、大津市萱野浦で１３５．５ミリを観測しました。

午前１０時半ごろ、近江八幡市川原町のＪＲ琵琶湖線で工事をしていた線路脇ののり面の一部が崩れ、一時、米原駅から野洲駅間の運転を見合わせました。

その後、安全が確認されたとして、午後１時に運転を再開しましたが、上りと下り合わせて１７本が運休し最大２時間あまりの遅れが生じるなど１万２０００人に影響が出ました。

ＪＲへの影響については、ＪＲ草津線が柘植から貴生川駅間で始発から運転を取りやめていましたが、午後２時１９分に運転を再開しました。また湖西線も和邇から近江今津駅間で始発から運転を取りやめていましたが、午後８時ごろから運転を再開する見込みです。
また県によりますと、午前５時半ごろ、高島市朽木小川の県道７８１号で土砂崩れが発生し、約５メートルにわたって土砂が流出し、道を塞ぎました。けが人などは出ておらず、土砂の撤去作業が進められ午後３時に通行止めは解除されました。

学校にも影響が出ました。県教育委員会によりますと、交通機関の乱れや強風などの影響で、大津市では小松小学校など４校と志賀中学校など２校が、近江八幡市では、沖島小学校と沖島幼稚園が休校となりました。他にも甲南高等養護学校や甲南高校も臨時休業となっています。
また、小学校、中学校や高校合わせて４０校で３０分から２時間ほど授業の開始を遅らせたり、授業時間を変更するなどの影響が出ました。